MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 24752

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	GTT	2	6	25	30	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018626	AGA	3	9	75	83	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018626	TA	3	6	93	98	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018626	CGA	2	6	170	175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592922
5	NC_018626	AGA	2	6	188	193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592922
6	NC_018626	CTT	2	6	225	230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592922
7	NC_018626	T	7	7	256	262	0 %	100 %	0 %	0 %	406592922
8	NC_018626	AAGG	2	8	266	273	50 %	0 %	50 %	0 %	406592922
9	NC_018626	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	406592922
10	NC_018626	GT	3	6	309	314	0 %	50 %	50 %	0 %	406592922
11	NC_018626	TCT	2	6	331	336	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592922
12	NC_018626	A	7	7	478	484	100 %	0 %	0 %	0 %	406592922
13	NC_018626	TG	3	6	498	503	0 %	50 %	50 %	0 %	406592922
14	NC_018626	ATG	2	6	546	551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592922
15	NC_018626	TAT	2	6	553	558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592922
16	NC_018626	ATG	2	6	579	584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592922
17	NC_018626	GCGT	2	8	588	595	0 %	25 %	50 %	25 %	406592922
18	NC_018626	TGT	2	6	640	645	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592922
19	NC_018626	ATG	2	6	659	664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592922
20	NC_018626	TC	3	6	727	732	0 %	50 %	0 %	50 %	406592922
21	NC_018626	ACA	2	6	950	955	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592922
22	NC_018626	AGC	2	6	964	969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592922
23	NC_018626	GTG	2	6	981	986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592922
24	NC_018626	AGC	3	9	1000	1008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592922
25	NC_018626	CTA	2	6	1011	1016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592922
26	NC_018626	GGT	2	6	1020	1025	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592922
27	NC_018626	CTT	2	6	1128	1133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592922
28	NC_018626	TTC	2	6	1146	1151	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018626	GAA	2	6	1152	1157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018626	CTT	2	6	1225	1230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
31	NC_018626	AC	3	6	1295	1300	50 %	0 %	0 %	50 %	406592923
32	NC_018626	TTAA	2	8	1353	1360	50 %	50 %	0 %	0 %	406592923
33	NC_018626	ACA	2	6	1365	1370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592923
34	NC_018626	ATG	2	6	1413	1418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
35	NC_018626	GT	3	6	1461	1466	0 %	50 %	50 %	0 %	406592923
36	NC_018626	TTA	2	6	1512	1517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592923
37	NC_018626	TAG	2	6	1576	1581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
38	NC_018626	TC	3	6	1584	1589	0 %	50 %	0 %	50 %	406592923
39	NC_018626	TAG	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
40	NC_018626	CTA	2	6	1768	1773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592923
41	NC_018626	TTC	2	6	1789	1794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
42	NC_018626	TG	3	6	1888	1893	0 %	50 %	50 %	0 %	406592923
43	NC_018626	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592923
44	NC_018626	CTT	2	6	2056	2061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
45	NC_018626	GAA	2	6	2067	2072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592923
46	NC_018626	TGA	2	6	2128	2133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
47	NC_018626	GAT	2	6	2146	2151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
48	NC_018626	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592923
49	NC_018626	CTT	2	6	2206	2211	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
50	NC_018626	T	6	6	2210	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	406592923
51	NC_018626	T	8	8	2289	2296	0 %	100 %	0 %	0 %	406592923
52	NC_018626	TAA	2	6	2368	2373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592923
53	NC_018626	GAA	2	6	2415	2420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592923
54	NC_018626	AGAT	2	8	2543	2550	50 %	25 %	25 %	0 %	406592923
55	NC_018626	T	8	8	2617	2624	0 %	100 %	0 %	0 %	406592924
56	NC_018626	T	8	8	2629	2636	0 %	100 %	0 %	0 %	406592924
57	NC_018626	AGT	2	6	2643	2648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592924
58	NC_018626	TTA	2	6	2656	2661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
59	NC_018626	TCC	2	6	2685	2690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592924
60	NC_018626	T	6	6	2730	2735	0 %	100 %	0 %	0 %	406592924
61	NC_018626	TTC	2	6	2778	2783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592924
62	NC_018626	GA	3	6	2786	2791	50 %	0 %	50 %	0 %	406592924
63	NC_018626	TTA	2	6	2803	2808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
64	NC_018626	TGTT	2	8	2841	2848	0 %	75 %	25 %	0 %	406592924
65	NC_018626	T	6	6	2885	2890	0 %	100 %	0 %	0 %	406592924
66	NC_018626	T	6	6	2897	2902	0 %	100 %	0 %	0 %	406592924
67	NC_018626	AGA	2	6	2934	2939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592924
68	NC_018626	GAAG	2	8	2952	2959	50 %	0 %	50 %	0 %	406592924
69	NC_018626	TAT	2	6	2972	2977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
70	NC_018626	AGTA	2	8	2982	2989	50 %	25 %	25 %	0 %	406592924
71	NC_018626	TAT	2	6	3006	3011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
72	NC_018626	T	6	6	3011	3016	0 %	100 %	0 %	0 %	406592924
73	NC_018626	TAT	2	6	3058	3063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018626	ATT	3	9	3073	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018626	TGT	2	6	3086	3091	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018626	T	6	6	3102	3107	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018626	GAA	2	6	3217	3222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
78	NC_018626	TTTG	2	8	3300	3307	0 %	75 %	25 %	0 %	406592925
79	NC_018626	TCCT	2	8	3326	3333	0 %	50 %	0 %	50 %	406592925
80	NC_018626	GA	3	6	3340	3345	50 %	0 %	50 %	0 %	406592925
81	NC_018626	GAAAA	2	10	3356	3365	80 %	0 %	20 %	0 %	406592925
82	NC_018626	ATG	2	6	3422	3427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
83	NC_018626	AGT	2	6	3489	3494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
84	NC_018626	CTT	2	6	3543	3548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592925
85	NC_018626	CAA	2	6	3628	3633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592925
86	NC_018626	ATG	2	6	3661	3666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
87	NC_018626	ATC	2	6	3779	3784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592925
88	NC_018626	TGG	2	6	3892	3897	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592925
89	NC_018626	AGA	2	6	4143	4148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
90	NC_018626	T	6	6	4191	4196	0 %	100 %	0 %	0 %	406592925
91	NC_018626	TAA	2	6	4209	4214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592925
92	NC_018626	AT	3	6	4227	4232	50 %	50 %	0 %	0 %	406592925
93	NC_018626	GAA	2	6	4246	4251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
94	NC_018626	AGC	2	6	4284	4289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592925
95	NC_018626	TAA	2	6	4313	4318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592925
96	NC_018626	AGGAG	2	10	4413	4422	40 %	0 %	60 %	0 %	406592925
97	NC_018626	CTT	2	6	4450	4455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592925
98	NC_018626	ATG	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
99	NC_018626	GAT	2	6	4525	4530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
100	NC_018626	GCT	2	6	4579	4584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592925
101	NC_018626	CT	3	6	4729	4734	0 %	50 %	0 %	50 %	406592925
102	NC_018626	GAA	2	6	4809	4814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
103	NC_018626	CTGTGG	2	12	4820	4831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406592925
104	NC_018626	AAG	2	6	4832	4837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
105	NC_018626	TGG	2	6	4910	4915	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592925
106	NC_018626	AAG	2	6	5009	5014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
107	NC_018626	AGA	2	6	5112	5117	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
108	NC_018626	TTA	2	6	5132	5137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592925
109	NC_018626	CAA	2	6	5220	5225	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592925
110	NC_018626	GAAA	2	8	5255	5262	75 %	0 %	25 %	0 %	406592925
111	NC_018626	CAA	2	6	5338	5343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_018626	TTG	2	6	5349	5354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018626	AATC	2	8	5414	5421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_018626	T	8	8	5457	5464	0 %	100 %	0 %	0 %	406592926
115	NC_018626	AGA	2	6	5520	5525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592926
116	NC_018626	CGAG	2	8	5526	5533	25 %	0 %	50 %	25 %	406592926
117	NC_018626	TGG	2	6	5586	5591	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592926
118	NC_018626	TAT	2	6	5621	5626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592926
119	NC_018626	GTT	2	6	5667	5672	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
120	NC_018626	CAA	2	6	5683	5688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592926
121	NC_018626	TGA	2	6	5709	5714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
122	NC_018626	TGT	2	6	5730	5735	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
123	NC_018626	GGA	2	6	5752	5757	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592926
124	NC_018626	T	6	6	5786	5791	0 %	100 %	0 %	0 %	406592926
125	NC_018626	CAA	2	6	5863	5868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592926
126	NC_018626	TGA	2	6	5925	5930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
127	NC_018626	GAT	2	6	5931	5936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
128	NC_018626	TGT	3	9	5983	5991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
129	NC_018626	TGA	2	6	6047	6052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
130	NC_018626	T	7	7	6072	6078	0 %	100 %	0 %	0 %	406592926
131	NC_018626	TGC	2	6	6222	6227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592926
132	NC_018626	TGA	2	6	6243	6248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
133	NC_018626	GAA	2	6	6274	6279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592926
134	NC_018626	A	6	6	6278	6283	100 %	0 %	0 %	0 %	406592926
135	NC_018626	GAG	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592926
136	NC_018626	TTC	2	6	6297	6302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592926
137	NC_018626	CCT	2	6	6304	6309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592926
138	NC_018626	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592926
139	NC_018626	GTT	2	6	6392	6397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
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398	NC_018626	TCC	2	6	18549	18554	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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